Cytoscape是一款图形化显示网络并进行分析和编辑的软件，支持多种网络描述格式，也可以用以Tab制表符分隔的文本文档或Microsoft Excel文件作为输入，或者利用Cytoscape软件本身的编辑器模块直接构建网络，操作方式便捷。

功能介绍

　　1、支持多种分析方式，可以选择分析网络。

　　2、支持分析节点的子集、批次分析、加载网络统计信息

　　3、绘制参数、从统计信息生成样式

　　4、使用可扩展对话框界面显示网络统计信息

　　5、在节点表中存储节点参数、在边缘表中存储边缘参数

　　6、明亮的颜色映射标准 ameters、暗色映射标准 ameters、中间颜色映射标准 ameters

　　7、NetworkAnalyzer、Cytoscape 网络浏览器

　　8、合并流程、作业状态监视器、命令行对话框、执行命令文件

　　9、选定的节点、带有选项的选定节点、命令行参数

　　10、Cytoscape 的快速游览、创建网络、嵌套网络

　　11、支持的网络文件格式、节点和边列数据

　　12、风格、应用程序管理器、命令工具、渲染引擎、导出数据

　　13、Cytoscape 和 OpenCL、Cytoscape.js 和Cytoscape 自动化

软件特色

　　Cytoscape使用可缩放的用户界面来导航和查看网络。ZUIs使用两种导航机制:缩放和平移。缩放根据用户想要看到的内容的多少或多少来增加或减少视图的放大

　　节点和边缘列数据

　　交互网络作为独立的模型是有用的。然而，当与其他信息结合在一起时，它们对于回答科学问题是最有效的。Cytoscape允许用户将任意节点、边缘和网络信息作为节点/边缘/网络数据列添加到Cytoscape中

　　Cytoscape功能不是固定的。它们可以通过应用程序扩展。它们可以以各种方式扩展细Cytoscape。一个应用程序可以从在线数据库导入数据。另一个应用程序可以提供一种分析网络的新方法。你可以在安装了Cytoscape之后安装应用程序。大多数应用程序都是像你这样的Cytoscape用户开发的。

　　如果你熟悉Cytoscape2。你可能知道细Cytoscape应用程序被称为插件。从Cytoscape3.0开始，我们称之为应用。